Năm 2029, tại một Nhật Bản tương lai nơi công nghệ đã hòa nhập sâu vào cơ thể con người, nữ chiến binh cyborg Motoko Kusanagi nhận ra thế giới đang phải đối mặt với những mối đe dọa ngày càng tinh vi. Với ý tưởng xây dựng một lực lượng có khả năng chủ động ngăn chặn hiểm họa trước khi chúng bùng phát, cô được Daisuke Aramaki tuyển mộ để cùng những chiến binh ưu tú khác thành lập Đội 9 thuộc Cục An ninh Công cộng, hay còn được biết đến với cái tên Shell Squad.
Trong quá trình điều tra những vụ việc liên quan đến công nghệ và tội phạm mạng, Kusanagi cùng đồng đội dần phát hiện một âm mưu quốc tế phức tạp đang ẩn sau hàng loạt sự kiện bất thường. Tất cả những manh mối đều dẫn đến một hacker bí ẩn mang mật danh Puppet Master, kẻ sở hữu năng lực vượt xa những gì họ từng đối mặt. Khi cuộc truy đuổi ngày càng tiến sâu vào thế giới nơi ranh giới giữa con người và máy móc trở nên mong manh, Kusanagi cũng bắt đầu đặt câu hỏi về chính bản thân, ý thức và bản chất của sự sống. Bộ phim kết hợp hành động, khoa học viễn tưởng và cyberpunk, mở ra một câu chuyện đầy ám ảnh về công nghệ, danh tính và tương lai của nhân loại.